Для борьбы с желающими получить больше денег, чем положено по страховому договору страховая компания и придумывает "маленькую хитрость" с НДСом. Если компания "вменяемая" она доплачивает оставшуюся сумму по окончанию ремонта. Предъявляете акты выполненных работ с СТО и получаете доплату. Детали уточняйте у менеджера, который ведет ваше дело. Предварительно почитайте договор.