По закону  "... відшкодовуються  витрати, пов'язані з відновлювальним ремонтом транспортного засобу  з   урахуванням  зносу,  розрахованого  у  порядку,  встановленому  законодавством..." (Статья 29). Ни про какой НДС речь вестись не может - это часть ваших затрат на восстановительный ремонт. Объясните им это официальным письмом. Не поймут - подавайте в суд.