Коротко скажу: никакой это не НДС. Это - банальная недоплата части ущерба, которую страховая компания забила в договор, который вы подписали. Такое условие применяется, как правило, при выплате наличными. В данном же случае страховая приравняла выплату на счет выгодоприобретателя к наличной выплате.

Что делать. Ваши права потребителя нарушены страховой компанией и банком. Хотя на мой взгляд роль банка в этой "подставе" более значительна, ведь он мог вполне направить возмещение на починку автомобиля и не было бы проблем, которые сейчас возникли. Проводите независимую экспертизу пригласив СК, чините машину и подавайте в суд на страховую компанию и на банк одновременно. Так у вас появится шанс получить недостающую сумму.