Для того, чтобы деньги не уходили на "нелюбимые" СТО и страхователь, не дай Бог, не получил прибыль от страхования, страховщики применяют различные хитрости в договоре страхования: 

а) выбор СТО по решению страховщика или оценка ущерба по акту экспертизы (расчитанному по ценам 2006-го года);

б) отказ покрывать некоторые из элементов конструкции автомобиля;

в) недоплата части премии (например, в размере НДС)

и т.д. 

Бороться тяжело, а по небольшим суммам - бесполезно и нервозатратно. В борьбе можно опираться только на нарушение ваших прав как потребителя и на независимую экспертизу. По остальным пунктам - вы с СК в договорных отношениях, т.е. "как договорились - так и платим!" Сейчас с деньгами у СК - труба, поэтому будут упираться до суда. 

Также будьте готовы к тому, что Родина может потребовать оплатить налоги с полученной суммы страхового возмещения, если вы в течение года не отремонтируете автомобиль. Подтвердить то, что вы произвели ремонт можно актами выполненных работ