Теоретически можно получить возмещение убытка любым из указанных вами способов.

Самый простой способ - получить деньгами. Когда вы получаете возмещение на фирму и вы работаете на общей системе налогообложения, то вам необходимо отнести на валовые затраты ущерб в период его нанесения, а выплату - на доходы в период ее получения. 

Законодательство также предусматривает возмещение убытков в натуре - путем ремонта поврежденного имущества. Поэтому СК вполне может оплатить вам ремонт прямиком на СТО. Тогда, по идее, у вас не будет ни убытка, ни дохода. Отражать в учете нечего.

Открытым остается вопрос - зачем это страховой компании? Заплатив вам напрямую можно сэкономить НДС, если вы - плательщик НДС. Для оплаты на СТО нужен договор с СТО. СТО нужно будет проконтролировать, что бы не завысили цены на ремонт. Кроме того, как страховщик уменьшит вам выплату, опираясь на экспертизу?  Зачем это все страховщику? Выплатит вам по экспертизе и - до свиданья!

Еще один вопрос на который я не знаю точного ответа: если страховщик заплатит, например 75% от реальных затрат (так он насчитал по экспертизе!) на СТО. Каким образом вы будете учитывать оставшиеся 25% в налоговом учете?

Резюмирую: с получением выплаты на ваш счет все понятно, при получении выплаты "натурой" - будут сложности с отображением в учете (при неполной выплате). Точнее - делайте запрос в налоговую.